V nadmorskej výške 1243 m n. m. je na Kojšovskej holi umiestnená klimatická stanica, ako stanica s termínovanými pozorovaniami fungovala od 1. 1. 1989 do 31. 5. 2007. V súčasnosti sa na Kojšovskej holi nachádza iba radarové pracovisko. Na tejto stanici sa pozorovali charakteristiky ako teplota vzduchu, vlhkosť vzduchu, smer a rýchlosť vetra, zrážky, výška snehovej pokrývky, vodná hodnota snehu a slnečný svit pomocou prístroja heliograf.
Klimatické členenie Slovenska radí spodnú časť Kojšovskej holi do mierne klimatickej oblasti a vyššia časť do mierne studenej oblasti. V priemere tu býva okolo 40 letných, 150 mrazových a 40 ľadových dní. Júlová teplota v nižších oblastiach je nad 16 oC a vo vyšších polohách nad 12 oC. Počas roka je tu okolo 50 hmlistých dní.
Priemerný ročný úhrn zrážok je okolo 720 až 860 mm a s nadmorskou výškou rastie až do 1 100 mm. Oblasť Kojšovskej holi je charakteristická väčším počtom búrok. Výška snehovej pokrývky je priemerne od 70 do 80 cm a vo vyšších polohách dosahuje aj cez 200 cm. Prevláda tu severojužný vietor ale je ovplyvnený orografiou na hrebeňoch sa vyskytuje aj silný severozápadný vietor dosahujúci niekedy až rýchlosť víchrice, v nárazoch až 100 km/h a spôsobuje veternú eróziu.