Podľa fytogeografického členenia Slovenska patrí územie tejto oblasti do západokarpatskej fóry ( Carpaticum occidentale ), obvodu predkarpatskej fóry ( Praecarpaticum ), okresu Slovenské rudohorie.
V minulosti bolo územie pokryté lesmi, rástli tu smrekové lesy čučoriedkové. Od konca 15. storočia bola Kojšovská hoľa, ako aj ostatné horské hrebene Volovských vrchov odlesnené, v dôsledku kolonizácie, tieto odlesnené územia boli najčastejšie využívané na pastvu a kosenie.
Dnes na území najväčšiu rozlohu tvoria horské psicové porasty, vo východnej a juhovýchodnej časti Kojšovskej hole sa nachádzajú spoločenstvá mezofilných lúk a pasienok. Pri prameniskách, riečnych tokoch a v terénnych depresiách sa vyskytujú vysokobylinné spoločenstvá. V tychto biotopoch sa početne vyskytujú chránené a ohrozené druhy.
Členenie biotopov na území :
1. biotopy európskeho významu :
- Kvetnaté vysokohorské a horské psicové porasty na silikátovom podklade,
- Vysokobylinné spoločenstvá na vlhkých lúkach,
- Prechodné rašeliniská a trasoviská.
2. biotopy národného významu:
- Mezofilné pasienky a spásané luky.
Biotop horských psicových lúk pokrýva okolo 60 % odlesnenej časti hole a podlieha zarastaniu drevinami alebo krovinami, ktoré rastú samostatne alebo v zhlukoch. Biotop vysokobylinných spoločenstiev na vlhkých lúkach sa nachádza iba na miestach výskytu prameňov alebo podmáčaných plochách. Biotop prechodné rašeliniská a trasoviská tvorí slatina. Biotop národného významu mezofilné pasienky a spásané lúky je tvorený spoločenstvami mezofilných lúk a pasienkov.