Územie Kojšovskej holi a jej okolia je pomerne intenzívne využívané a navštevované, z tohto dôvodu a z dôvodu hospodárskej činnosti, ktorá pozmenila časť pôvodných lesov na smrekové monokultúry, to má dominantný vplyv na character živočíšstva v oblasti.
Zo zoogeografického členenia terestrického biocyklu je toto územie zaraďované do eurosibírskej podoblasti paleoarktu, do podkarpatského úseku provincie listnatých lesov.
Druhy živočíchov, ktoré tu žijú sú viazané na prirodzený reprezentatívny geoekosystém, ktorý sa vyskytuje na kryštalickom podklade, kde sa pôvodne nachádzali bukovo-jedľové lesy. Zmeny živočíšstva priniesla aj zmena charakteru leso v minulosti, a však väčšia časť živočíchov sa dokázala adaptovať.
Zo živočichov, chránených európskym významom, to sú hlaváč pásoplutvý, kunka žltobruchá, mlok karpatský, medveď hnedý, vlk obyčajný, mačka diva, rys ostrovid, netopier veľkouchý, netopier čierny, netopier obyčajný, podkovár malý.
Zo živočíchov, chránených národným významom, to sú bystruška zlatá, čmeľ zemný, modráčik horcový, ropucha bradavičnatá, skokan hnedý, salamandra škvrnitá, slepúch lámavý, jašterica živorodá, užovka obojková, vretenica severská, jež bledý, veverica stromová, hranostaj čiernochvostý, netopier vodný, netopier hrdzavý, ucháč svetlý.
Na území sa nachádzajú aj druhy ako jelenia, srnčia a diviačia zver. Vo vodných tokoch sa nachádza pstruh potočný.
Z vtáctva sat u vyskytujú druhy ako jastrab lesný, jastrab krahulec, mlynárka dlhochvostá, kačica divá, ľabtuška lesná, dážďovník tmavý, myšiarka ušatá, chochláč severský, myšiak lesný, stehlík konopiar, stehlík pestrý, stehlík zelený, stehlík čížavý, kôrovník dlhoprstý, vodnár potočný, glezg hrubozobý, holub plúžik, drozd čvíkotavý, vrana túlavá, kukučka jarabá, belorítka domová, ďateľ veľký, strnádka žltá, slávik červienka, sokol lastovičiar, sokol myšiar, pinka lesná, sojka škriekavá, sedmohlások hájový, lastovička domová, krutihlav hnedý, krivonos smrekový, trasochvost biely, trasochvost horský, muchár sivý, orešnica perlavá, sýkorka uhliarka, sýkorka belasá, strakoš červenochrbtý, včelár lesný, sýkorka chochlatá, sýkorka bielolíca, sýkorka čiernohlavá, žltochvost domový, žltochvost lesný, kolibkárik čipčavý, kolibkárik sykavý, kolibkárik spevavý, vrchárka modrá, hýľ lesný, králiček ohnivohlavý, králiček zlatohlavý, pŕhľaviar červenkastý, pŕhľaviar čiernohlavý, sluka lesná, kanárik záhradný, brhlík lesný, hrdlička záhradná, holub hrivnák, krkavec čierny, penica hnedokrídla, penica popolavá, oriešok hnedý, drozd čierny, drozd plavý, hrdlička poľná, sova lesná, penica čiernohlavá, penica slávikovitá, drozd kolohrivý, drozd trskotavý, pôtik kapcavý, rybárik riečny, orol skalný, jariabok hôrny, výr skalný, lelek lesný, bocian čierny, chrapkáč poľný, ďateľ bielochrbtý, tesár čierny, sokol sťahovavý, muchárik bielokrký, muchárik červenohrdlý, kuvičok vrabčí, ďateľ trojprstý, žlná sivá, sova dlhochvostá, tetrov hlucháň a ďalšie druhy lesných a ekotónových spevavcov.